Les fjords sont des estuaires en eau profonde qui abritent un large éventail d'habitats marins pour les poissons pélagiques. Pourtant, les lacunes dans les connaissances sur la distribution des poissons et l'utilisation de l'habitat limitent la mise en œuvre de stratégies efficaces de conservation marine dans les fjords. En utilisant les fjords de la Colombie-Britannique comme étude de cas, nous avons démontré que le métabarcodage de l'ADNe combiné aux caractéristiques des espèces peut améliorer la détection et la surveillance des espèces prioritaires pour la conservation (CPS) dans le cadre de plans de conservation systématiques.
Des échantillons ont été prélevés à quatre moments : fin janvier/février (hiver), mai (printemps), août (été) et novembre (automne) 2023 dans les cinq fjords de la Colombie-Britannique : Indian Arm (səl ̓ilwət in hən̓q̓əmin̓əmde), Howe Sound (Átl'a7tsem à Squamish), Toba Inlet (yṣkamṣamn à Homalco), Bute Inlet et Rivers Inlet (Wánu-vaxsiwa à Oowekyala). Trois à cinq stations ont été échantillonnées dans chaque fjord et des échantillons discrets d'ADN environnemental (ADNe) de 2 L ont été prélevés à l'aide de bouteilles Niskin à la surface, à 10 m sous la surface, à 100 m sous la surface et à 10 m au-dessus du fond. Les données de température et de salinité ont également été collectées à chaque instant à l'aide d'un CTD.
À partir des échantillons d'ADNe, la communauté de poissons a été cartographiée à l'aide d'un métabarcoding ciblant une petite région du gène de l'ARNr 12S mitochondrial à l'aide du jeu d'amorces universelles miFISH-U. Des bibliothèques de séquençage indépendantes ont été préparées pour chacun des quatre ensembles de données saisonniers, et chacun a été séquencé à l'aide de la chimie Illumina MiSeq V3 au Hakai Genome Lab sur l'île Quadra, en Colombie-Britannique.
Les profils d'ADNe spatiotemporels ont confirmé la présence d'eulakane (Thaleichthys pacificus) en voie de disparition dans trois fjords et ont identifié les habitats des fjords profonds comme des priorités de conservation pour les espèces mésopélagiques, notamment les élasmobranches sensibles et les migrateurs verticaux quotidiens tels que la lampfish nordique (Stenobrachius leucopsarus). Les pics d'ADNe de plusieurs CPS en hiver et au printemps correspondaient aux périodes de frai documentées, soulignant l'importance des fjords Les morues comme habitat de frai saisonnier. Cette approche transférable à l'échelle mondiale peut compléter les initiatives locales d'intendance et les efforts de surveillance à long terme, contribuant ainsi à une conception et à une gestion plus efficaces des aires marines de conservation.
10.21966/n141-m959
